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第一部分 动物分类学初步3

第1章 动物分类学简史3

1.1 林奈之前4

1.2 林奈与布丰6

1.3 拉马克与居维叶及其他学者7

1.4 达尔文与华莱士8

1.5 迈尔与亨尼希9

1.6 分支分类学派、进化分类学派与数值分类学派11

1.7 今天的动物分类学12

第2章 系统学的项目设计、样本采集与保存14

2.1 针对问题的形态特征或分子标记选取14

2.1.1 种群结构研究14

2.1.2 种间界限与种群间杂交研究15

2.1.3 高级阶元系统发育研究15

2.2 针对类群行为特点的采集方法16

2.2.1 采集策略16

2.2.2 采集方法16

2.3 针对个体结构特点的保存方法19

第二部分 动物分类学的经典内容和α分类的新内容第3章 《国际动物命名法规》第四版概述23

3.1 双名法及若干相关问题24

3.2 《法规》对于电子出版物的态度24

3.3 可用名25

3.4 优先权和有效名26

3.5 各阶元的名称构成及使用27

3.5.1 科级分类单元27

3.5.2 属级分类单元27

3.5.3 种级分类单元28

3.6 异名关系30

3.7 同名关系31

3.8 模式33

3.8.1 科级分类单元33

3.8.2 属级分类单元34

3.8.3 种级分类单元36

3.9 展望38

第4章 动物分类学的经典工作内容40

4.1 鉴定40

4.2 描述、绘图和照相42

4.3 修订及新命名分类单元的记述43

4.4 阶元层级与分类系统44

4.5 检索表45

4.6 地理分布46

第5章 形态学新技术的引入48

5.1 数字化绘图48

5.2 电子显微镜50

5.3 激光共聚焦显微镜52

5.4 微型断层扫描54

5.5 几何形态学55

5.6 全形态56

5.7 分类学的网络化时代57

第6章 无法统一的物种概念60

6.1 生物学类的物种概念62

6.2 生物学物种概念在现实中的困难62

6.3 系统发育类的物种概念63

第7章 分子鉴定：DNA条形编码68

7.1 标记的选定69

7.2 鉴定的算法72

7.3 结果的采用72

7.4 BOLD数据库规范简介73

7.4.1 项目立项的规范73

7.4.2 数据提交的规范73

7.5 DNA条形码能否助力谱系物种概念和谱系命名法规？74

7.5.1 谱系命名法规概述74

7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode75

7.6 转基因生物与合成生物学76

第三部分 生物地理学概述第8章 物种形成：种群遗传和地理81

8.1 种化方式与地理之间的关系81

8.2 种群遗传分异与生态因素的协同83

8.3 种群遗传动态83

第9章 物种地理分布格局：地质与生态87

9.1 物种分异与地质历史的协同87

9.1.1 第四纪及其之前的历史梗概87

9.1.2 第四纪冰期与间冰期90

9.1.3 人类的扩散迁移及其影响92

9.2 阶元级别与分布格局形成机制的解释96

9.2.1 扩散理论96

9.2.2 泛生物地理学96

9.2.3 分支生物地理学97

9.3 生态因子对物种分布的限制99

第四部分 系统发育105

第10章 系统发育系统学与分支分析105

10.1 相似与同源105

10.2 类群相关概念106

10.3 特征相关概念107

10.3.1 性状选取与性状状态107

10.3.2 性状评价与性状加权108

10.3.3 性状的区分109

10.4 树图相关概念109

10.4.1 Hennig论证110

10.4.2 简约原则与树长110

10.4.3 树的搜索111

10.4.4 树的合意112

10.4.5 树的评价与检验112

10.4.6 若干问题113

10.5 主干种114

10.6 分支图与分类系统115

10.6.1 Hennig的同等级别法116

10.6.2 Wiley等（1991）提出的三个规则116

10.6.3 9个约定116

10.7 树的其他用途117

10.8 分子系统发育117

10.9 不同信息来源结果的整合119

10.9.1 古DNA和古蛋白质119

10.9.2 超级树120

10.10 基于形态信息与基于分子信息的分支分析研究121

第11章 分子系统学的实验部分128

11.1 核酸提取129

11.1.1 DNA的提取130

11.1.2 线粒体基因组的纯化分离134

11.1.3 RNA的提取135

11.2 PCR技术、纯化回收与克隆137

11.2.1 一般的PCR139

11.2.2 巢式PCR141

11.2.3 增效PCR142

11.2.4 TAIL-PCR142

11.2.5 反转录PCR143

11.2.6 长PCR144

11.2.7 纯化回收与克隆145

11.3 序列测定与拼接和申报147

11.3.1 Sanger法测序原理147

11.3.2 短片段直接测序148

11.3.3 高通量测序148

11.3.4 单分子测序150

11.3.5 序列拼接和申报151

第12章 分子系统学的生物信息学部分153

12.1 序列数据库建立153

12.1.1 序列数据的收集153

12.1.2 标本信息与序列信息的整合153

12.2 序列格式与转换154

12.2.1 序列格式类型154

12.2.2 常用的转换软件155

12.3 线粒体基因组分析155

12.3.1 动物线粒体基因组简况156

12.3.2 蛋白质编码基因、rDNA和tRNA156

12.4 EST与核基因组分析156

12.4.1 EST157

12.4.2 核基因组158

12.5 短片段序列比对160

12.5.1 短片段序列比对的一般方案161

12.5.2 空位的问题以及POY软件所做的比对163

12.5.3 蛋白质编码基因的手工比对163

12.6 rRNA二级结构分析与应用164

12.6.1 RNA二级结构模型的手动构建164

12.6.2 RNA二级结构的热力学运算与结果合意165

12.6.3 tRNA的二级结构及应用165

12.6.4 rDNA内含子与长度变异区段165

12.6.5 基于rRNA二级结构的rDNA手工比对167

12.6.6 长度变异和插入缺失作为共有衍征167

第13章 分子系统学的建树原则与算法175

13.1 最大简约法真的缺少模型么？175

13.1.1 最大简约法与优化式简约177

13.1.2 布莱默支持指数178

13.2 最大似然法与进化模型179

13.2.1 似然原则与最大似然法179

13.2.2 分子序列进化模型的类型180

13.2.3 碱基替换模型的确定180

13.2.4 rRNA二级结构中的碱基对替换模型181

13.2.5 氨基酸替换模型183

13.3 贝叶斯分析及其并行化183

13.3.1 实现贝叶斯分析的原理184

13.3.2 贝叶斯分析的并行化186

13.4 数据不相合性检测187

13.5 系统误差与随机误差188

13.6 一个老套却仍然现实的问题：联合还是合意？189

第五部分 形态进化的分子系统学思考第14章 分子钟与中性进化197

14.1 分子钟197

14.1.1 模型与检验197

14.1.2 在形态进化研究中的应用198

14.2 中性进化198

14.2.1 模型与检验198

14.2.2 在形态进化研究中的应用200

第15章 进化发育：分子与形态之间的桥梁202

15.1 生物发生律与冯贝尔法则202

15.2 动物身体模式的建成203

15.3 与局部形态相关的基因205

15.4 无中生有：有希望的怪物206

15.5 有中生有：结构演化与新功能206

15.6 表观遗传207

15.7 个体发育与系统发育207

15.8 发育或形态特征作为共有衍征208

15.9 原位杂交简介208