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生物芯片技术与实践
  • 史蒂夫·拉塞尔，肖华胜著 著
  • 出版社： 北京：科学出版社
  • ISBN：9787030270832
  • 出版时间：2010
  • 标注页数：332页
  • 文件大小：52MB
  • 文件页数：343页
  • 主题词：生物－芯片

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图书目录

第一章 引言1

1.1 技术介绍1

1.2 发展概况4

1.3 简要概述6

参考文献9

第二章 实验设计基础12

2.1 生物芯片基因表达测量中的变异来源13

2.2 对照和重复14

2.3 实验设计17

2.4 小结21

参考文献22

第三章 生物芯片的设计和制备24

3.1 探针的选择25

3.2 cDNA和扩增产物探针26

3.3 寡核苷酸探针28

3.4 生物芯片的制备38

3.5 小结44

参考文献45

第四章 样本收集和标记50

4.1 样本收集和RNA提取50

4.2 RNA的质量评价51

4.3 cDNA的合成53

4.4 标记方法54

4.5 信号放大58

4.6 RNA扩增60

4.7 扩增方法的比较67

4.8 荧光标记样本的质量控制68

4.9 小结68

参考文献69

第五章 杂交和扫描72

5.1 杂交72

5.2 数据获取75

5.3 信号点定位81

5.4 方法比较85

5.5 数据提取86

5.6 质量控制基本要求89

5.7 小结90

参考文献91

第六章 数据预处理94

6.1 预处理基本原理95

6.2 系统误差的来源96

6.3 背景校正97

6.4 数据过滤、标记和加权98

6.5 缺失值的处理99

6.6 数据转换101

6.7 空间效应的处理110

6.8 Print-Tip Group Loess归一化113

6.9 二维（2D）Loess113

6.10 复合Loess归一化114

6.11 加权Loess归一化115

6.12 使用重复探针增强归一化效果116

6.13 “片间”归一化117

6.14 关于质控的其他注意事项119

6.15 生物芯片质量控制协会（MAQC）120

6.16 外源RNA对照协会（ERCC）120

6.17 EMERALD协会120

6.18 Affymetrix GeneChip数据的预处理121

6.19 探针校正和整合125

6.20 背景校正126

6.21 归一化129

6.22 小结129

参考文献130

第七章 差异表达135

7.1 引言135

7.2 统计学推断138

7.3 参数统计148

7.4 生物芯片数据的线性模型（LIMMA）157

7.5 非参数统计169

7.6 基因-类别检验173

7.7 小结182

参考文献185

第八章 聚类和分类193

8.1 引言193

8.2 相似性度量195

8.3 无监督分析方法:聚类和分区196

8.4 评价聚类质量204

8.5 维数减少207

8.6 有监督的方法209

8.7 模型质量评价213

8.8 小结213

参考文献214

第九章 生物芯片数据的存储和数据仓219

9.1 引言219

9.2 ArrayExpress数据库220

9.3 Gene Expression Omnibus （GEO）226

9.4 其他数据存储和数据仓231

9.5 小结234

参考文献235

第十章 基因组芯片分析240

10.1 基因组芯片240

10.2 外显子芯片242

10.3 叠瓦芯片243

10.4 扩增子及BAC芯片245

10.5 寡核苷酸叠瓦芯片246

10.6 叠瓦芯片的应用248

10.7 叠瓦芯片的分析255

10.8 小结257

参考文献258

第十一章 生物芯片技术在医学中的应用263

11.1 引言263

11.2 病原体研究:疟疾265

11.3 人类疾病表达谱研究271

11.4 比较基因组杂交芯片276

11.5 SNPs和基因分型282

11.6 小结289

参考文献290

第十二章 其他种类的生物芯片技术301

12.1 蛋白质结合芯片301

12.2 细胞和组织芯片303

12.3 蛋白质芯片306

12.4 小结311

参考文献311

第十三章 生物芯片的未来与展望317

13.1 生物芯片技术317

13.2 标记和检测技术318

13.3 成像技术319

13.4 分析技术320

参考文献321

索引324

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