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1.引言1

1.1 遗传数据的属性1

1.2 遗传数据实例1

1.2.1 表现型数据1

1.2.2 共显性的表现型数据2

1.2.3 等位基因酶数据5

1.2.4 蛋白质序列数据8

1.2.5 限制性片段数据10

1.2.6 DNA序列数据12

1.3 遗传抽样与统计抽样13

1.4 符号和术语16

1.5 孟德尔与费歇尔17

1.6 小结26

1.7 练习27

2.频率估计28

2.1 多项基因型计数28

2.1.1 多项矩量30

2.1.2 群体内基因频率的方差33

2.1.3 指示变量35

2.1.4 群体内基因频率的协方差37

2.1.5 实例38

2.1.6 基因频率的总方差41

2.1.7 Fisher的方差近似公式43

2.2 似然估计45

2.2.1 最大似然估计量的选择性48

2.2.2 求MLE的Bailey法52

2.2.3 似然方程的迭代求解法55

2.2.4 EM算法56

2.2.5 实例59

2.2.6 配子频率63

2.3 矩量方法66

2.4 小结67

2.5 练习68

3.不平衡70

3.1 哈迪-温伯格不平衡70

3.1.1 不平衡系数DA的估计72

3.1.2 用DA测验哈迪-温伯格不平衡73

3.1.3 HWE的正合测验75

3.1.4 HWE的似然比测验79

3.1.5 对数-线性模型(log-linear models)81

3.1.6 复等位基因83

3.1.7 HWE测验的功效87

3.2 连锁不平衡89

3.2.1 两个基因座的配子不平衡89

3.2.2 配子不平衡的正合测验90

3.2.3 复等位基因的配子不平衡93

3.2.4 配子连锁不平衡的方差和协方差93

3.2.5 三个或四个基因座的配子不平衡94

3.2.6 正规化的配子不平衡(normalized gametic disequilibria)96

3.2.7 两基因座基因型不平衡96

3.2.8 复合的基因型不平衡101

3.2.9 连锁不平衡的对数-线性测验103

3.2.10 实例107

3.3 多重测验109

3.4 同质性测验110

3.6 练习113

3.5 小结113

4.多样性115

4.1 引言115

4.2 杂合性115

4.2.1 杂合性的群体内方差116

4.2.2 杂合性的总方差118

4.3 基因多样性124

4.3.1 基因多样性群体内方差125

4.3.2 基因多样性的总方差127

4.3.3 估计多样性方差128

4.3.4 实例130

4.5 练习133

4.4 小结133

5.群体结构135

5.1 引言135

5.2 固定群体136

5.2.1 基因频率136

5.2.2 Jackknife法137

5.2.3 Bootstrap法140

5.2.4 方差分析143

5.3 随机群体145

5.3.1 单倍体数据145

5.3.2 二倍体数据152

5.4 群体亚分155

5.4.1 三级谱系(Three-level hierarchy)156

5.4.2 四级谱系(four-level hierarchy)159

5.5 遗传距离162

5.5.1 几何距离162

5.5.2 共祖距离(coancestry distance)166

5.5.3 内氏遗传距离(Nei s genetic distance)168

5.5.4 距离估计值的方差170

5.6 小结171

5.7 练习171

6.1.1 根据纯合母本进行估计174

6.世代间分析174

6.1 异交估计174

6.1.2 根据平衡群体估计176

6.1.3 根据任意母本的子代进行估计177

6.1.4 多基因座估计值181

6.1.5 估计父本数183

6.2 父性推断185

6.2.1 利用共显性基因座排除父亲身份186

6.2.2 利用显性基因座排除父亲身份188

6.2.3 父性指数189

6.2.4 DNA指纹分析191

6.2.5 最可能的父本植株193

6.3 选择的估计194

6.3.1 选择的拟合优度检验194

6.3.2 一个世代内的估计196

6.3.3 选择的分量197

6.3.4 生存选择的最大似然估计200

6.3.5 部分自交生物的选择201

6.3.6 母-子数据的利用204

6.4 连锁的估计208

6.4.1 基因间距离209

6.4.2 双回交法210

6.4.3 F2群体法213

6.4.4 直接法216

6.4.5 已知连锁相的LOD值217

6.4.6 未知连锁相的LOD值218

6.5 小结219

6.6 练习219

7.分子数据221

7.1 引言221

7.2 限制性位点资料221

7.2.1 估计片段长度221

7.2.2 顺序排列片段224

7.2.3 估计限制性位点的位置225

7.2.4 核苷酸变异的推断225

7.2.5 疾病关联227

7.3 DNA序列资料231

7.3.1 碱基组成231

7.3.2 二核苷酸频率232

7.3.3 Markov链分析235

7.3.4 单一序列中的模式238

7.3.5 Shuffling测验241

7.4.1 点标图242

7.4.2 序列间的完全区配242

7.4 序列比较242

7.4.3 Queen和Korn法则244

7.4.4 Needleman-Wunsch法则246

7.5 蛋白质序列资料250

7.6 DNA序列间的距离254

7.7 小结257

7.8 练习259

8.种系发生结构260

8.1 引言260

8.2 距离矩阵法262

8.2.1 平均连接聚类法(Average Linkage Clustering)(UPGMA)263

8.2.2 Fitch-Margoliash法则265

8.3 约碱(Parsimony)法270

8.4 似然法274

8.4.1 DNA序列的似然模型274

8.4.2 两个序列275

8.4.3 三个序列278

8.4.4 相对频率检验281

8.4.5 多个序列283

8.4.6 其它突变模型284

8.4.7 对系统发生树Bootstrap抽样285

8.6 练习286

附录A 统计表288

A.1 正态分布288

A.2 卡方分布290

A.3 非中心卡方分布292

附录B 随机数295

B.1 随机数的产生295

B.2 Bootstrap抽样(bootstrapping)296

B.3 随机DNA序列296

B.3.1 有约束的随机DNA序列298

附录C 电算程序299

C.1 连锁不平衡299

C.1.1 配子不平衡299

C.1.2 假定HWE318

C.1.3 复合不平衡系数345

C.2.1 单倍体数据359

C.2 F-统计量359

C.2.2 二倍体数据376

C.3 DNA序列处理397

C.3.1 Shuffling法重排序列397

C.3.2 Karlin算法查找顺接重复序列400

名词索引409

参考文献413

8.5 小结825