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第一章 绪论1

第一节 遗传流行病学概述1

一、遗传流行病学的概念1

二、学科的形成与发展2

三、我国遗传流行病学的发展简介5

第二节 研究对象和任务5

第三节 主要研究方法概述6

一、家族聚集性研究6

二、分离分析7

三、连锁分析7

四、关联分析8

第四节 研究进展简介9

第二章 遗传流行病学的基本概念和原理11

第一节 遗传学的基本概念11

一、遗传物质11

二、细胞的分裂活动13

三、突变15

第二节 流行病学的基本概念和原理16

一、流行病学中的重要概念16

二、疾病频率的测量18

三、流行病学研究的类型18

四、关联的测量19

五、流行病学中的偏倚20

第三节 遗传流行病学的基本概念和原理20

一、孟德尔遗传20

二、群体遗传学24

第三章 孟德尔式遗传的原理27

第一节 基本概念27

一、家族性、散发、遗传性和拟表型27

二、表型、基因型和外显率28

三、显性、隐性、共显性及剂量依赖的加性作用28

第二节 单一位点的孟德尔式遗传29

一、孟德尔式遗传定律29

二、配子及子代基因型的确定29

三、人群等位基因频率30

第三节 多位点的孟德尔遗传31

一、复等位基因位点31

二、两位点的孟德尔式遗传32

三、家系谱图的绘制32

第四节 常染色体遗传病33

一、常染色体显性遗传病33

二、常染色体隐性遗传病35

第五节 伴性遗传36

一、性染色体的遗传36

二、以X连锁遗传病为例说明36

第四章 家族聚集性研究38

第一节 家族研究的基本概念38

一、研究表型38

二、遗传关系和基因同一性39

三、家族危险性40

四、疾病家族史40

五、病例对照和队列研究的重叠41

第二节 家族研究的设计41

一、一般原则42

二、含家族组分的流行病学研究43

三、以人群为参照的病例研究47

四、固定亲属组47

五、养子研究49

六、家谱图50

七、家族聚集性的随机化检验51

第三节 家族聚集性的测量指标52

一、相对比和率差52

二、家族史得分53

三、家族危险性54

四、亲属间疾病状况的独立性检验55

第四节 家族聚集性原因的识别56

一、研究设计56

二、分析方法56

三、家族研究中协变量的校正57

第五节 连续表型的家系关联58

第五章 遗传度分析61

第一节 遗传度的概念61

一、定义62

二、用简单线性模型估计遗传度62

第二节 方差组分模型64

一、遗传方差组分65

二、环境方差组分66

三、根据亲属资料估计方差组分66

四、方差组分估计的一般性方法70

五、方差组分模型的诠释72

第三节 通径分析72

一、通径模型的构建73

二、通径系数的佑计75

三、通径模型的诠释76

第四节 质量性状遗传度的估计76

一、风险函数的含义77

二、与方差组分模型的比较78

三、与通径模型的比较79

四、多因素模型对再发风险的估计79

第六章 分离分析82

第一节 分离分析的基本概念82

第二节 分离分析中家系的确证和收集83

一、家系的确证83

二、序贯抽样84

第三节 经典分离分析法85

一、基本原理85

二、确证校正和估计分离比86

三、样本含量89

四、关于确证校正的其他问题90

第四节 综合分离分析91

一、定义基本参数92

二、计算似然函数92

三、确证校正102

四、Class D回归模型102

五、选择最优模型104

第五节 分离分析的局限性107

第七章 连锁分析109

第一节 概述109

一、连锁分析的概念和原理109

二、连锁分析的过程110

三、连锁分析的分类110

第二节 连锁分析的遗传学基础110

一、减数分裂111

二、重组和作图函数111

三、血缘一致性和状态一致性114

第三节 连锁分析的方法115

一、直接计数法115

二、LOD值法117

三、亲属对方法123

四、连锁分析方法的选择130

五、连锁分析研究设计相关的问题131

第八章 连锁不平衡定位133

第一节 连锁不平衡133

一、连锁不平衡的定义133

二、导致遗传标记物与致病基因间连锁不平衡的机制133

三、连锁不平衡的度量134

第二节 连锁不平衡定位机制135

一、连锁不平衡定位的基本思想135

二、对连锁不平衡定位具有重要意义的两种机制136

第三节 连锁不平衡定位参数模型139

一、评估致病基因的经验方法139

二、单体型共享方法140

三、基于合并的参数方法141

四、在人类基因组中存在多少连锁不平衡142

第四节 单体型区块与连锁不平衡142

一、单体型142

二、单体型区块143

三、单体型区块与连锁不平衡143

第九章 群体遗传学原理145

第一节 单个位点的基因分布145

一、大群体中的Hardy-Weinberg平衡145

二、Hardy-Weinberg平衡定律的应用146

三、影响群体基因频率的因素147

四、近婚系数153

第二节 两个位点的基因分布154

一、连锁不平衡的起源157

二、连锁不平衡的衰减158

三、连锁不平衡的估计160

第十章 候选基因关联研究164

第一节 候选基因关联研究中的基本概念164

一、易感基因与候选基因164

二、关联和连锁不平衡165

三、人群分层166

四、表型和中间表型166

五、关联研究中表示关联强度的指标166

第二节 候选基因关联研究的设计类型167

一、队列研究设计167

二、病例对照研究设计169

三、以家庭为基础的关联分析180

四、基因组关联分析181

第三节 候选基因关联研究中需要注意的问题185

一、候选基因的选择185

二、候选基因关联研究样本量的选择186

三、基因分型与表型测量187

四、关联研究结果的解释189

第十一章 交互作用分析191

第一节 基本概念与研究设计191

一、交互作用的基本概念191

二、主要的研究设计类型194

第二节 统计分析方法及应用198

一、Logistic回归模型199

二、多因子降维法202

三、组合法208

四、随机森林法210

五、集合关联法211

六、神经网络模型212

第三节 交互作用的研究前景215

一、交互作用分析方法所面临的问题215

二、分析方法的比较与进展217

三、系统生物学的兴起218

第十二章 遗传流行病学在医学和公共卫生中的应用221

第一节 遗传流行病学在临床医学中的应用221

一、疾病筛查和诊断试验评价221

二、疾病异质性研究222

三、疾病自然史研究223

四、治疗效果和安全性评价226

第二节 遗传流行病学研究在疾病预防中的应用226

一、疾病预防的策略226

二、以家系为基础的预防228

三、以人群为基础的预防230

第三节 遗传流行病学在公共卫生监测中的应用232

第四节 遗传流行病学研究中的伦理学问题232

索引234