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第1章 分子遗传学在生态学中的应用1

1.1什么是分子生态学？1

1.2分子生态学的产生2

1.2.1等位酶蛋白3

1.2.2等位酶遗传标记6

1.3无限的数据源7

1.3.1突变与重组8

1.3.2遗传变异是适应性的吗？11

1.3.3聚合酶链式反应12

1.3.3.1引物14

1.3.3.2 DNA的来源16

1.3.4获取PCR数据18

1.3.4.1 DNA测序19

1.3.4.2第二代测序20

1.3.4.3第三代测序21

1.3.5定量PCR22

1.4概述23

1.5本章小结23

1.6有用的网站及软件24

1.7推荐阅读25

1.8复习题25

第2章 分子标记在生态学中的应用27

2.1了解分子标记27

2.2遗传方式27

2.2.1细胞核与细胞器27

2.2.1.1动物线粒体DNA28

2.2.1.2植物线粒体DNA30

2.2.1.3包括叶绿体在内的质体DNA32

2.2.2单倍染色体33

2.2.3杂种鉴定35

2.2.4单亲标记：需要注意的地方37

2.3分子标记38

2.3.1共显性标记39

2.3.1.1等位酶40

2.3.1.2 RFLP41

2.3.1.3 DNA序列43

2.3.1.4 SNP44

2.3.1.5微卫星47

2.3.2显性标记51

2.3.2.1 RAPD51

2.3.2.2 A FLP52

2.4概述54

2.5本章小结54

2.6有用的网站及软件55

2.7推荐阅读55

2.8在线学习资源56

2.9复习题57

第3章 单种群遗传分析58

3.1为什么要研究单个种群？58

3.1.1什么是种群？58

3.2遗传多样性的量化62

3.2.1哈迪-温伯格平衡62

3.2.2遗传多样性的估计65

3.2.3单倍体多样性69

3.2.4标记的选择69

3.3什么因素影响遗传多样性？70

3.3.1遗传漂变70

3.3.2什么是有效种群大小？71

3.3.3量化实际种群大小71

3.3.4量化有效种群大小73

3.3.4.1单样本估计73

3.3.4.2 时序法74

3.3.5影响Ne的种群特征77

3.3.5.1性比77

3.3.5.2繁殖成功率的变异78

3.3.5.3种群大小的波动80

3.3.6 Ne、遗传漂变和遗传多样性81

3.3.7种群瓶颈82

3.3.8奠基者效应和入侵物种83

3.3.9自然选择84

3.3.10主要组织相容性复合体86

3.3.11繁殖87

3.3.11.1近交88

3.3.11.2多倍体90

3.4概述92

3.5本章小结93

3.6有用的网站及软件94

3.7推荐阅读94

3.8在线学习资源95

3.9复习题95

第4章 多种群遗传分析97

4.1为什么要研究多个种群？97

4.2量化种群的分化97

4.2.1遗传距离97

4.2.2 F-统计量99

4.2.3对FST的解释101

4.2.4种群的非先验识别104

4.3量化基因流107

4.3.1直接法107

4.3.2间接法109

4.3.3分配检验110

4.4什么会影响基因流？110

4.4.1传播的障碍111

4.4.2景观遗传学111

4.4.3集合种群114

4.4.4种间相互作用115

4.4.5杂交116

4.5种群分化：遗传漂变和自然选择119

4.5.1基因流与遗传漂变119

4.5.2基因流与局域适应120

4.5.2.1漂变与选择121

4.5.2.2分子进化格局122

4.5.2.3不一致的遗传分化122

4.5.2.4等位基因频率的渐变群变异：FST对QST124

4.6概述127

4.7本章小结127

4.8有用的网站及软件128

4.9推荐阅读129

4.10在线学习资源130

4.11复习题130

第5章 重要生态性状的研究：生态基因组学、QTL分析以及反向遗传学132

5.1重要生态性状的研究132

5.1.1 cDNA文库和ESTs133

5.1.2微阵列133

5.1.3微阵列是如何发挥作用的？134

5.1.4探针138

5.1.5验证基因表达差异139

5.1.6微阵列应用139

5.1.6.1个体内变异139

5.1.6.2物种间变异141

5.1.6.3序列差异141

5.1.6.4基因表达差异143

5.1.7微阵列与微生物群落生态学144

5.1.8微生物的功能146

5.1.9微阵列与基因分型148

5.2连接基因型与表型149

5.2.1反向遗传学149

5.3 QTL分析151

5.3.1连锁作图151

5.3.2 QT L定位156

5.3.3重要生态性状的QTL定位159

5.4概述162

5.5本章小结162

5.6有用的网站及软件163

5.7推荐阅读164

5.8复习题164

第6章 谱系地理学167

6.1什么是谱系地理学？167

6.2谱系地理学中的分子标记168

6.2.1细胞器与细胞核标记168

6.2.2重复与非重复标记170

6.2.3中性与适应性标记171

6.3分子钟171

6.4二叉树174

6.5溯祖理论177

6.5.1溯祖理论的应用178

6.6网络179

6.7嵌套分支谱系地理分析和统计谱系地理学181

6.8遗传谱系的分布183

6.8.1细分的种群183

6.8.2传播和地理隔离183

6.9比较谱系地理学185

6.9.1区域一致性185

6.9.2大陆一致性186

6.9.2.1欧洲冰期后生物的重拓殖路线187

6.9.3传播与入侵物种188

6.10物种间等位基因共享191

6.10.1谱系分选191

6.10.2杂交带193

6.11概述196

6.12本章小结196

6.13有用的网站及软件197

6.14推荐阅读197

6.15 在线学习资源198

6.16复习题199

第7章 行为生态学200

7.1为什么使用分子去研究行为？200

7.2交配系统201

7.2.1亲本分析203

7.2.2偶外受精206

7.2.2.1哪些个体进行偶外受精？210

7.2.2.2环境会影响偶外受精吗？210

7.2.2.3配偶选择211

7.2.2.4交配后的配偶选择212

7.2.3社会性繁殖213

7.2.4社会性昆虫216

7.3操控性比218

7.3.1性比矛盾220

7.4有性别偏向的传播221

7.4.1核及线粒体标记222

7.4.2亲缘关系222

7.4.3 FST值224

7.4.4分配检验225

7.4.5空间自相关226

7.4.6一致的结果227

7.5捕食者与被捕食者229

7.5.1鉴别被捕食者229

7.5.2捕食与保护232

7.6概述232

7.7本章小结233

7.8有用的网站及软件233

7.9推荐阅读234

7.10在线学习资源235

7.11复习题235

第8章 保护遗传学237

8.1生物保护的必要性237

8.2分类学240

8.2.1物种的概念240

8.2.2 DNA条形码241

8.2.3亚种246

8.2.4保护单元247

8.2.5杂种248

8.3种群大小、遗传多样性和近交249

8.3.1近交衰退250

8.3.2杂合度与适合度的相关性253

8.3.3自体受精255

8.3.4避免近交256

8.3.5远交衰退257

8.4迁移258

8.4.1遗传拯救258

8.4.2源种群260

8.4.3恢复遗传学262

8.5人工繁殖263

8.5.1最大化遗传多样性263

8.5.2人工繁殖种群的近交和远交265

8.6遗传多样性库265

8.7概述267

8.8本章小结267

8.9有用的网站及软件268

8.10推荐阅读268

8.11在线学习资源269

8.12复习题269

术语表271

复习题答案287

参考文献294

索引334

译后记349