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目录1

1 生物化学动力学基础1

1.1　生命科学和生物化学动力学的基本特征1

1.2　稳态近似和平衡假定3

1.3　反应独立性原理6

1.4 　广义酸碱催化原理7

1.5　线性自由焓原理11

1.6　势能面16

1.7 　Monte Carlo经典轨线法24

1.8　过渡态理论29

1.9　单分子反应理论40

1.10 内禀反应坐标46

1.11　参考文献49

2　生物化学反应速率方程52

2.1　生化反应速率常微分方程52

2.2　生化反应速率偏微分方程组59

2.3　生化反应速率方程的稳态近似解法64

2.4　快速平衡和线性近似解法72

2.5　生化常微分方程的数值解法79

2.6　偏微分方程的近似解和数值解87

2.7　微生物培养的自振动力学95

2.8　参考文献102

3.1　典型Michaelis-Menten反应104

3　一般生化反应动力学104

3.2　不稳定酶的M-M反应111

3.3　阻化剂和活化剂118

3.4　双底物生化反应126

3.5　多活性位酶反应134

3.6　芳烃生物降解的共代谢反应动力学141

3.7　参考文献149

4　生化反应Sigmoid动力学151

4.1 MWC理论的Sigmoid动力学151

4.2 MWC模型的效应因子理论154

4.3 KNF理论的Sigmoid动力学162

4.4　协同效应167

4.5　三磷酸腺苷的水解反应177

4.6 L-酪氨酸羟基化反应183

4.7 参考文献191

5 生物化学反应扩散动力学194

5.1　简单扩散控制型反应动力学194

5.2　扩散控制离子型反应动力学199

5.3　带反馈回路的生物反应扩散体系203

5.4　双相反应扩散动力学212

5.5　色谱分析中生化反应扩散动力学217

5.6　流动生化反应扩散体系的稳定性222

5.7 多中间稳态生化反应扩散体系229

5.8 参考文献236

6.1　生化循环反应动力学分析239

6 生化反应动力学分析239

6.2 带诱导期的生化反应动力学245

6.3　有阈值的生化反应动力学251

6.4　酸性磷酸酶活性调节动力学254

6.5　代谢过程岐化反应动力学259

6.6 水解和转肽联偶反应动力学269

6.7　参考文献277

7　生化动力学溶剂效应280

7.1　过渡态理论对生物化学反应的应用280

7.2　动力学介质效应的模型理论283

7.3　动力学介质效应的过渡态理论293

7.4　溶剂化的经典理论299

7.5　溶剂效应的动力学理论306

7.6　介质效应模型理论的应用312

7.7　介质效应过渡态理论的应用和计算318

7.8　动力学溶剂效应的定标粒子理论330

7.9　参考文献335

8　生物化学动力学盐效应338

8.1　动力学盐效应的Br？nsted方程338

8.2　离子的活度系数342

8.3　液体结构的定标粒子理论347

8.4　定标粒子理论的盐效应常数354

8.5　离子间反应和非电解质间反应的动力学盐效应362

8.6　ATP和t-BuOl溶剂解反应的动力学盐效应366

8.7　离子和非电解质反应的动力学盐效应374

8.8　细胞色素鉴别和乙酸乙酯碱性水解反应的动力学盐效应379

8.9　参考文献386

9　动力学温度、压力和外电场效应389

9.1　单底物体系的动力学温度效应389

9.2　反应的活化熵和等动力学定则394

9.3　多底物体系的动力学温度效应399

9.4　内压力对反应速率的影响402

9.5　外压力的动力学效应406

9.6　离子反应的动力学压力效应414

9.7　外场的动力学效应415

9.8　参考文献422

10.1　反应扩散方程和Lyapounov近似理论425

10　生物振荡和生物混沌425

10.2　分叉理论初步431

10.3　反应扩散体系的分叉437

10.4　势能面上和CSTR中生化反应的分叉445

10.5　微生物培养振荡反应450

10.6　混沌的动力学模型453

10.7　从分叉到混沌的途径455

10.8　糖酵解振荡和混沌461

10.9　动物内分泌体系的混沌理论464

10.10　辅酶I反应和其他生物混沌性态470

10.11　参考文献476