图书介绍

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生物信息学分析实践
  • 吴祖建编著 著
  • 出版社： 北京：科学出版社
  • ISBN：9787030278319
  • 出版时间：2010
  • 标注页数：226页
  • 文件大小：55MB
  • 文件页数：238页
  • 主题词：生物信息论

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图书目录

第一章 生物信息学简介1

1.1生物信息学基础1

1.1.1什么是生物信息学1

1.1.2生物信息学的形成与发展2

1.1.3生物信息学的研究内容4

1.2生物信息学应用6

1.2.1生物信息学的热点领域6

1.2.2信息技术与生物信息学8

第二章 数据库检索11

2.1综合性数据库NCBI11

2.1.1NCBI简介11

2.1.2NCBI数据库介绍12

2.1.3Entrez简介14

2.1.4Entrez检索实例15

2.2综合性数据库EMBL-EBI19

2.2.1EBI简介19

2.2.2EBI数据库简介20

2.2.3SRS简介21

2.2.4SRS检索实例22

2.2.5BioMart简介23

2.2.6BioMart检索实例23

2.3UCSC基因组浏览器27

2.3.1UCSC基因组浏览器简介27

2.3.2UCSC基因组浏览器检索实例28

第三章 引物设计及测序结果分析30

3.1引物设计30

3.1.1概述30

3.1.2常规PCR引物设计实例分析36

3.1.3简并引物设计53

3.2测序结果分析60

3.3序列拼接实例分析61

第四章 核酸序列分析75

4.1常规分析75

4.1.1核酸序列的检索75

4.1.2核酸序列组分分析75

4.1.3序列变换77

4.1.4限制性酶切分析78

4.2比对分析82

4.2.1BLAST比对82

4.2.2双序列比对87

4.2.3多序列比对89

4.3基因结构识别93

4.3.1ORF识别及其可靠性验证93

4.3.2启动子及转录因子结合位点分析97

4.3.3重复序列分析99

4.3.4CpG island101

4.3.53′UTR区102

第五章 蛋白质序列分析105

5.1蛋白质序列的基本性质分析105

5.1.1理化性质分析105

5.1.2疏水性分析107

5.1.3跨膜区分析110

5.1.4信号肽预测112

5.1.5Coil区分析116

5.1.6亚细胞定位118

5.2结构域分析及motif搜索120

5.2.1结构域分析120

5.2.2motif搜索123

5.3空间结构预测126

5.3.1蛋白质二级结构预测126

5.3.2蛋白质三级结构预测129

5.3.3蛋白质结构预测方法评价138

5.4抗原表位预测分析139

5.4.1B淋巴细胞抗原表位预测分析140

5.4.2T淋巴细胞抗原表位预测分析145

第六章 分子进化与系统发育分析149

6.1进化的分子基础149

6.1.1进化树与分子系统学149

6.1.2相似性与同源性151

6.1.3分子进化151

6.2系统发育分析151

6.2.1DNA和氨基酸序列的进化演变153

6.2.2系统发育树的种类153

6.2.3用于系统发育分析的分子标记选择154

6.2.4常用的构树方法及其甄选156

6.2.5系统发育分析常用软件159

6.3系统发育分析的检验165

6.3.1系统发育分析方法可靠性的评价165

6.3.2系统树的误差分析及消除方法166

6.4系统树的评估168

6.5系统发育分析实例168

6.5.1使用MEGA软件重建NJ树172

6.5.2使用PAUP软件重建NJ树174

6.5.3使用MEGA软件重建MP树175

6.5.4使用PAUP软件重建MP树176

6.5.5使用PAUP软件重建ML树177

6.5.6贝叶斯树177

第七章 RNA分析181

7.1RNA简介181

7.1.1RNA的结构182

7.1.2RNA的功能182

7.1.3RNA研究进展与展望184

7.2RNA二级结构184

7.2.1RNA的二级结构概述184

7.2.2RNA二级结构的预测方法186

7.2.3RNA结构预测实例分析188

7.3高效siRNA的设计191

7.3.1RNAi的作用机制192

7.3.2siRNA的设计原则193

7.3.3影响RNAi的其他因素193

7.3.4siRNA的设计步骤194

7.3.5siRNA的合成194

7.3.6siRNA干涉效果的评判195

7.3.7siRNA相关数据库介绍195

7.3.8siRNA设计实例分析196

7.4microRNA分析198

7.4.1microRNA作用机制概述198

7.4.2miRNA功能与研究方法200

7.4.3miRNA生物信息学分析201

7.4.4miRNA及其靶基因预测的实例分析206

主要参考文献及网址211

附录218

附录1常用生物学数据库218

附录2各种主要的RNA二级结构预测软件比较219

附录3名词解释221

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