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前言1

第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX的使用1

1.1 序列比对BLAST1

1.1.1 网上运行BLAST1

1.1.2 本地运行BLAST（Windows系统）9

1.2 多序列比对（ClustalX）13

1.2.1 ClustalX的使用14

1.2.2 数据的输入15

1.2.3 数据的输出18

主要参考文献22

第2章 真核生物基因结构的预测分析23

2.1 基因可读框的识别23

2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测分析24

2.2.1 CpG岛的预测分析24

2.2.2 转录终止信号的预测分析26

2.2.3 启动子区域的预测分析27

2.3 采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用29

2.4 ASTD数据库简介31

主要参考文献36

第3章 电子克隆37

3.1 利用UniGene数据库进行电子延伸37

3.1.1 目标序列的blastn检索37

3.1.2 UniGene数据库检索38

3.1.3 下载UniGeneCluster中所有EST序列39

3.2 从数据库中获取cDNA全长序列41

3.3 本地序列拼接41

3.3.1 CAP3序列拼接程序42

3.3.2 Velvet序列拼接程序44

3.4 基因的电子表达谱分析49

3.5 核酸序列的电子基因定位分析50

主要参考文献53

第4章 分子进化遗传分析工具（MEGA4）的使用54

4.1 序列数据的获取和比对54

4.1.1 数据库直接检索54

4.1.2 BLAST比对55

4.2 遗传距离的估计58

4.3 分子钟假说的检验59

4.4 多序列比对结果文件格式转换60

4.5 系统进化树构建63

4.5.1 进化树构建方法选择63

4.5.2 进化树的树形选择65

4.5.3 进化树的拓扑结构调整66

4.5.4 进化树树枝形态的优化68

4.5.5 进化树的保存70

主要参考文献71

第5章 蛋白质结构与功能预测72

5.1 蛋白质一级结构分析72

5.1.1 蛋白质理化性质分析72

5.1.2 蛋白质亲疏水性分析75

5.1.3 跨膜区结构预测78

5.1.4 卷曲螺旋预测79

5.2 蛋白质二级结构分析81

5.2.1 PredictProtein81

5.2.2 PSIPRED85

5.3 蛋白质结构域与功能分析86

5.3.1 Pfarn（protein families database of alignment and HMM）87

5.3.2 PROSITE88

5.3.3 BLOCKS90

5.3.4 SMART93

5.4 蛋白质三维结构分析93

5.4.1 同源建模（homology modeling）93

5.4.2 线串法（threading）96

5.4.3 从头预测（ab initio prediction）98

5.4.4 蛋白质三维结构观察98

主要参考文献100

第6章 Gene Ontology数据库和KEGG数据库简介103

6.1 Gene Ontology数据库103

6.1.1 简介103

6.1.2 用关键词检索GO数据库103

6.1.3 用序列检索GO数据库108

6.2 KEGG数据库109

6.2.1 简介109

6.2.2 根据代谢途径名称检索109

6.2.3 根据基因名称检索110

6.2.4 根据序列检索113

主要参考文献116

第7章 蛋白质组学数据分析117

7.1 生物质谱技术介绍117

7.1.1 质谱技术的基本原理117

7.1.2 X！Tandem软件121

7.1.3 Mascot软件125

7.2 蛋白质组学数据统计分析软件129

7.2.1 TPP简介129

7.2.2 TPP的安装与配置130

7.2.3 样本数据准备131

7.2.4 将RAW文件转换成mzXML文件132

7.2.5 由html文件生成pepXML文件135

7.2.6 运行PeptideProphet139

7.2.7 运行ProteinProphet143

7.2.8 数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件147

主要参考文献149

第8章 基因芯片数据处理和分析150

8.1 芯片数据的获取和处理150

8.1.1 芯片数据的格式转换150

8.1.2 数据基本处理152

8.2 芯片数据的检索和提交156

8.2.1 芯片数据的文件格式158

8.2.2 芯片数据的提交161

8.3 芯片数据的可视化162

8.3.1 GenMAPP的概念162

8.3.2 GenMAPP的安装163

8.3.3 GenMAPP的使用163

8.4 芯片数据聚类分析167

8.4.1 CLUSTER167

8.42 TreeView169

主要参考文献170

第9章 系统生物学网络结构分析171

9.1 Cytoscape软件简介171

9.1.1 概况171

9.1.2 主要功能171

9.2 软件安装172

9.3 Cytoscape基本操作173

9.3.1 信息输入173

9.3.2 插件安装178

9.4 应用Cytoscape进行基因注释178

9.4.1 BiNGO插件的安装178

9.4.2 使用实例178

9.5 应用Cytoscape进行细胞定位181

9.5.1 Cerebral插件的安装181

9.5.2 使用实例181

9.6 应用Cytoscape搜索基因相互作用文献184

9.6.1 Agilent Literature Search插件安装184

9.6.2 使用实例184

9.7 应用Cytoscape做网络分析187

9.7.1 将BOND网络数据库的信息输入Cytoscape187

9.7.2 网络分析188

主要参考文献192

英汉对照词汇193

索引201